الرقابة المالية على المؤسسات الصحية تتضمن قسمين
1- رقابة سابقة من طرف المراقب المالي من خلال تقديم بطاقة الالتزام لاي عمل مالي (شراء ..تموين ..توظيف ..ماعدا الصعود في الدرجات لا تسلم له)،فمن خلاله يتاكد من صفة الامر بالصرف وووجود الاعتمادات وسلامة الاجراءات الخاصة بكل عملية ليعطي الموافقة على سير العملية الادارية (الالتزام)
2- رقابة لاحقة من طرف المحاسب المعتمد وهذا لدفع وابراء النفقة التي كانت محل التزام المؤسسة وهذا من خلال وثائق الثبوتية المذكورة في فالقوانين خاصة 90-21 المتعلق بالمحاسبة العمومية ووجود الاعتمادات وصفة الامر ..الخ بعد ان صدر له امر بالدفع من الامر بالصرف